比如这段:“姑娘相貌娇美,肤色白腻, 她身穿一件靛青织锦的上衣,颜色甚是鲜艳,但在她容光映照之下,再灿烂的锦缎也已显得黯然无光……”
用图片说就是:
是不是既简单又粗暴?
同样的,一张好的Figure胜过千言万语,整洁美观的Figure不仅能大幅提高审稿人的好感度,还能显着性提高论文接收率!
下面,就让小南给大家带来论文写作中最实用的干货:论文中常见Figure的类型及Figure中需要体现的信息要点上篇:统计图和照片。
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各类统计图
统计图是最常见的Figure形式,利用柱的高低、曲线的走向代替枯燥的数字,提供了直观的比较:
某基因在组织中的分布,结果一目了然
统计图种类较多,其中柱状图(column)最为常用。以柱状图为例,表达信息完整的统计图应包括:
①图片编号(panel label):Figure中不同的内容应使用大写字母的 A, B, C, D…标注一级编号,也有杂志要求用小写字母作为一级编号,具体应参考投稿指南(author guidelines)。
注意:一张Figure上的A, B, C, D的内容要整合在一个图片文件中。
②图片标题(title):子图片较多时,可对其添加标题。此方式比二级编号更加直观:
③&④纵轴(Y axis):纵轴的内容,一般为数字,注意在括号内标注单位。
⑤横轴(X axis):内容是分组情况时应写清组名,尽量不用代号(如“Group A”)表示;内容是数字(时间等)时,应注意标注单位。
⑥&⑦柱(column)&误差棒(error bar):柱状图的主体,表示平均值(mean)和标准差(SD)或标准误(SEM)。
通常来说,选择SEM会让误差“看起来更小”,但一定要在正文及图注中说明。
注意:越来越多的杂志开始要求提供点图(dot plot)以反映数据的原始情况:
因此,一定要注意保留原始数据,切忌只保留统计结果。
⑧统计符号(significance):表示柱之间的统计学差异,一般来说 */**/***分别代表P<0.05/P<0.01/P<0.001。除星号*外,常用的还有#、△等。<>
⑨图例(symbol):对不同样式(pattern)的柱子进行说明,分组涉及多个参数时使用,若分组简单,可直接在横轴上标注组名。
除柱状图外,常见的统计图还包括XY散点图(X,Y scatterplot)、线图(contingency)、生存曲线(survival)、流式图(flow cytometry)等,科学期刊对此类Figure要求最严,每种类型的统计图都有非常多需要注意的细节。
南博屹将陆续推出专题,讲解Figure制作中常见的错误,欢迎大家订阅并持续关注我们的公众号。
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照片
照片是Figure中最诚实的一种,与艺术摄影不同,科学文章中的照片对艺术性要求不高,但十分要求科学性和严谨性:
如上图,照片主体是肿瘤组织,背景应选用与其反差较大的绿色,突出肿瘤边缘。肿瘤下方应放置米尺(红色箭头),做标尺用,辅助说明肿瘤体积。
照片应遵照真实性原则,可以适当调整整体亮度、对比度等,但不能对局部进行PS调整。同时,可以用箭头指示病变部位。
X-ray、CT、PET-CT、MRI等造影照片是照片的另一大种类。有条件的情况下,此类照片最好保留电子版图片。如果只有胶片资料,则应尽量使用专业扫描仪提取电子相片。若条件不允许,也应摆正角度,使用高分辨率的数码相机记录:
上图展示了一种较差的记录情况,这种情况只能寻找专业图像修复服务进行修复,费时费力,不推荐。
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组织切片染色图
组织切片染色图是医学SCI论文中最有含金量的Figure,许多病理切片都是诊断疾病的金标准。
这类Figure通过不同的化学试剂+抗体的组合,可以定性反映微观结构的改变,蛋白表达的分布等等:
以最常见的H&E染色为例:
①注意添加比例尺(上图红色箭头),比例尺能够说明微观结构的尺寸及放大倍数,是重要参数。
②拍照时,注意调节曝光度,曝光度过低会让画面整体灰暗,曝光过度则可能损失图片重要细节,且后期很难用软件矫正;
③调节饱和度,饱和度代表画面的“鲜艳”程度。色彩心理学认为,适中的饱和度让人感到柔和,饱和度过高会让人紧张,过低则会十分压抑;
④调节白平衡,尽量保证空白区域为纯白色,未矫正白平衡的照片会整体偏蓝或偏黄。(下图为白平衡调节范例)
⑤在图片的外围标记编号(A,B,C,D等)或小标题(如分组信息),很多杂志不允许把编号或标题写在图片上。
⑥可以在图中使用箭头、三角等标识指出图片的重点内容,并在legend中说明。
免疫组化染色比H&E染色的图片更具特异性,最好在图片中使用箭头或三角标记出阳性染色。
注意:有的杂志会要求提供不添加一抗或二抗的阴性对照,一定要在实验中设立该对照,这也是实验严谨性的代表。
另外,有时我们需要用半定量的方法统计免疫组化染色阳性率,关于这部分的方法与技巧,南博屹会在今后陆续推送。
如上图,免疫荧光染色是切片染色图最“炫”的一类,通常会展示同一视野下多种分子的表达情况,并在最后展示合并(Merge)后的图片。
此类图片要注意标记每种颜色代表的分子,除上图的标记方法外,也可以使用下图这种直观的彩色标记:
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条带图
条带分析图常见于分子生物学实验,包括以Western Blot为代表的“东南西北”Blot、半定量PCR、SDS page、免疫共沉淀等:
非常漂亮的荧光标记WB
条带图上的重要的信息包括:条带代表的分子名称、条带分子量、分组情况等:
如上图,条带左侧标记了分子名称;右侧标记了蛋白分子大小(建议标注单位kDa);下方用划横线的方式将若干条带分组;上方用相对亮度对条带进行了半定量,可以选择性使用。
建议使用上图的方式,在条带周围加上黑色线框,看起来更加整齐美观,同时削弱条带不整齐的视觉效果。
将不同条带裁剪组合在一张图上时,要注意保留条带上下一定的空白区域,如有杂带也应如实保留,否则可能遭到质疑:
如实保留杂带
注意:
①可以在不损失细节的情况下调整条带整体的亮度、对比度,但绝不能对条带局部进行调整甚至涂改,也不能从中间挖去某个条带。
②不能出现一图多用的情况,尤其注意不要重复使用同一张内参的条带图,也不要对条带进行简单的水平或垂直翻转就再次使用,一般editor和reviewer对这一点非常敏感,涉及科研诚信,不能马虎。
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示意图
当数据不够直观或无法用肉眼观测时,我们需要示意图的帮助:
基因位点,使用Illustrator或Photoshop制作:
蛋白结构,使用Pymol等软件制作:
分子机制示意图:
文/nambou1,南博屹致力于为生物医学领域期刊论文发表,完成从原始数据到标准化Figure的华丽转身。(微信号:nambou1)